Bệnh viện đa khoa huyện Thanh Thủy đã trải qua một quá trình phát triển đáng kể. Trước đây, nó là Bệnh viện khu vực La Phù thuộc TTYT Tam Thanh và sau đó, từ ngày 01/9/1999, khi tái lập huyện Thanh Thủy, nó được đổi tên thành TTYT Thanh Thủy. Vào năm 2006, TTYT Thanh Thủy được chia thành hai đơn vị là TTYT Thanh Thủy và Bệnh viện đa khoa huyện Thanh Thủy (hiện nay).